Sau đây là một số hoạt động cụ thể trong năm 2013: Tuyên bố chung về việc sửa đổi Hiến pháp. Hiệp thông với giáo phận Vinh, lên án chính quyền tỉnh Nghệ An đàn áp giáo dân; Phản đối nhà cầm quyền dùng bạo lực, can thiệp vào nội bộ các tôn giáo; Phản đối nhà cầm quyền Cộng sản đang ngược đãi những thanh niên yêu nước trong nhà tù; Yêu cầu cho tù nhân Đỗ Thị Minh Hạnh ra ngoài chữa bệnh; Phản đối nhà cầm quyền tiếp tục bị vi phạm nhân quyền sau chuyến công du Hoa Kỳ của Chủ tịch nước CSVN; Phản đối vụ tại Giáo xứ Mỹ Yên, thuộc Giáo phận Vinh bị đàn áp… Ngoài ra còn nhiều hoạt động khác như cứu trợ, ủy lạo, giúp thương phế binh VNCH, giúp người nghèo v.v.. Kể từ đó, HĐLT tiếp tục thực hiện một số việc như sau: Lên tiếng, kiến nghị phản đối một số trường hợp nhà cầm quyền vi phạm nhân quyền và đàn áp tôn giáo như công an trại giam khủng bố các tù nhân lương tâm, việc công an trại giam An Phước, huyện Phú Giáo, tỉnh Bình Dương khủng bố tù nhân lương tâm Mục sư Nguyễn Công Chính; phản đối công an đàn áp các vụ biểu tình chống Trung Quốc và đàn áp Tín đồ PGHH Thuần túy; về tù nhân lương tâm Đặng Xuân Diệu và các tù nhân khác đang bị ngược đãi trong tù; kiến nghị gửi đến ngài Tiến sĩ HeinerBielefeldt đặc phái viên về tôn giáo của Liên Hiệp Quốc; phản đối cộng sản Việt Nam chủ trương triệt hạ chùa Liên Trì, Quận 2 Thủ Thiêm, việc âm mưu hủy diệt các cơ sở tôn giáo đã tồn tại lâu đời ở Thủ Thiêm; kiến nghị gửi Cao ủy Nhân quyền LHQ về đàn áp tôn giáo tại VN; lên tiếng nhân ngày Quốc tế Nhân quyền v.v… Song song với hành động nêu trên, HĐLT còn tham gia, ủng hộ tinh thần với một số hoạt động của các tổ chức xã hội dân sự như: Hội cựu Tù nhân Lương tâm, Lao động Việt, Hội Phụ nữ Nhân quyền, Diễn đàn Xã hội Dân sự … và ký tên những văn bản quan trọng đòi nhân quyền; Gặp ông HeinerBielefeldt đặc phái viên về tôn giáo của Liên Hiệp Quốc tại nhà thờ Dòng Chúa Cứu thế Sài gòn; thăm CTS Nguyễn Kim Lân tại Vĩnh Long và tiếp xúc đông đủ Ban đại diện khối Nhơn sanh Cao Đài và các tín hữu; tiếp xúc với ông Charlet Sellers Trưởng phòng chính trị TLS Hoa Kỳ tại dòng Chúa Cứu Thế; tiếp bà Katherin phụ trách về tự do tôn giáo quốc tế khu vực Đông Á–Thái Bình Dương tại văn phòng Công lý Hòa bình DCCT Sài Gòn; tham gia với các linh mục dòng Chúa Cứu Thế, các hội thiện nguyện tổ chức họp mặt tri ân và tặng quà từ thiện, khám bệnh miễn phí, tặng xe lăn cho các TPB VNCH khi được mời tham gia. Nói chung Hội Đồng Liên Tôn đã có nhiều hoạt động đòi tự do tôn giáo, nhân quyền, cứu trợ, giúp người nghèo v.v…. Mặc dù nhà cầm quyền CSVN không công khai đàn áp, nhưng họ cũng tìm cách hạn chế các sinh hoạt của các chức sắc HĐLT. Hội Đồng Liên Tôn đã liên kết với các tôn giáo. cộng đồng, tổ chức, nhân sĩ trong nước cũng như tại hải ngoại thành hình Ủy Ban Liên Lạc Quốc Nội Hải Ngoại ngày 28/1/2016 đưa đến thành lập Hội Đổng Liên Kết Quốc Nội Hải Ngoại VN. Tiếp theo đó, các chức sắc Hội Đồng Liên Tôn Việt Nam đã bị nhà cầm tìm cách đàn áp, sách nhiễu rất khốc liệt, kể cả việc phá bỏ Chùa Liên Trì, nơi đặt trụ sở của HĐLT, tấn công CTS Hứa Phi, đàn áp các chức sắc và tín đồ… nhưng quý vị chức sắc và tín đồ vẫn không nao núng, vẫn kiên trì, MS Nguyễn Trung Tôn bị cầm tù, MS Đinh Diên bị giam… Chúng tôi xin trích dẫn một số hoạt động của Hội Đồng Liên Tôn Việt Nam gần đây: Kháng thư CS đàn áp ông Vương Văn Thả và gia đình. Gặp Đại Sứ Lưu Động Đặc Trách Tôn Giáo của Hoa Kỳ, các đại diện tòa đại sứ Liên Âu, Canada và nhiều quốc gia khác tại Chùa Giác Hoa Sài Gòn, cùng rất nhiều tổ chức, cá nhân quốc để trình bày những vi phạm tự do tôn giáo và nhân quyền tại VN. Những công tác của HĐLTVN còn rất nhiều chúng tôi không có thời giờ để trình bày, xin lượng thứ.